En el pasado, la mercancía se manejaba en condiciones precarias e incluso a temperaturas que dañaban los productos perecederos que se exportaban fuera del país, por lo que necesitaban de cuidado y trato especial.

En la década de los ochenta, un grupo de empresarios visionarios, que representaban a la Cámara de Comercio, a la Cámara de Industria, Asociación de Guatemalteca de Exportadores (AGEXPORT), Asociación de Almacenes Generales de Depósito (ASALGE), Gremial de Líneas Aéreas de Carga, Asociación Guatemalteca de Líneas Aéreas de Pasajeros (AGLA), Gremial de Agencias de Carga; conformaron el Comité de Operaciones de Carga Aérea COMBEX. y a través de un Acuerdo Gubernativo, este comité inicio sus operaciones de manejo de carga en el área de Exportación, sin requerir ningún apoyo económico por parte del estado, asignándosele un espacio para la construcción de una bodega dentro del área de Aeropuerto Internacional La Aurora

En 1989, el manejo y despacho de la carga de exportación vía aérea empezó a consolidarse.

En 1992, el proceso de modernización del Estado propició que el Gobierno de la República otorgara el manejo de carga aérea de exportación y la operación de la bodega de importación, a sus propios usuarios del sector privado, y así nace el Comité de Operación de la Bodega de Carga Aérea COMBEX-IM.

En 1996 la Dirección General de Aduanas resolvió que "toda la carga aérea debidamente manifestada y aquella fuera de manifiesto que ingresa al país, debe ser entregada en su totalidad a COMBEX-IM, incluyendo aquellas bajo el régimen de tránsito, material de compañías aéreas, material de courier y mercancías en depósito".

El 1 de julio de 2007, la Superintendencia de Administración Tributaria –SAT- autorizó a esta entidad operar como Depósito Aduanero Temporal, y en consecuencia su razón social cambió a la Asociación para el Desarrollo Económico y Social de Puertos y Aeropuertos COMBEX-IM, según el Acta Constitutiva No. 22.

En la actualidad, COMBEX-IM continúa en crecimiento e inversión, para ofrecer a sus usuarios un servicio de calidad, con tecnología de punta y a través de un recurso humano bien calificado.